Третий сезон «Укрытия» разворачивается в двух временных линиях, сплетая историю происхождения бункера с текущими событиями. В настоящем Джульетта Николс выживает после принудительной «чистки» и возвращается в убежище, но с полной потерей памяти. Она не помнит ни своего прошлого, ни причин, по которым её отправили на смерть. Между тем общество оправляется от последствий восстания, посеянного тайной организацией, и сталкивается с новой угрозой: неизвестная группа людей проникает в бункер, подрывая его хрупкую стабильность. Джульетта, движимая инстинктами, пытается восстановить свои воспоминания, параллельно расследуя появление чужаков, которые, возможно, знают правду о её прошлом.
В параллельной сюжетной линии, действие которой происходит за несколько столетий до событий сериала, журналистка Хелен Дрю и конгрессмен Дэниел Кин раскрывают заговор, угрожающий всему человечеству. Они обнаруживают, что правительство готовит массовую эвакуацию в подземные бункеры, скрывая реальную причину — нанотехнологии вышли из-под контроля, уничтожая внешний мир. Хелен и Дэниел пытаются обнародовать правду, но сталкиваются с жестоким сопротивлением со стороны властей. Их расследование приводит к трагическим последствиям: попытка предотвратить катастрофу оборачивается необратимыми изменениями, которые навсегда определят судьбу выживших. Сезон завершается мощным клиффхэнгером, связывающим прошлое и настоящее и ставящим под вопрос саму природу реальности внутри бункера.
